Jayapura se situe sur la cote de l’océan Pacifique au Nord de l’île de la Papouasie Nouvelle Guinée. C’est la plus grande ville et capitale de la Papouasie Occidentale.
Elle se niche au creux de la baie de Yos Surdano, non loin de la frontière qui sépare la partie Australienne et Indonésienne de l’île. Elle doit son nom de « Jayapura » (ville de la victoire) à la dernière bataille contre les Hollandais, en 1962.